La Sicilia é l'isola più grande del Mediterraneo, un incantevole paradiso per il clima, le bellezze naturali ed i paesaggi unici al mondo. È una regione montagnosa dove i monti Peloritani, i Nebrodi, le Madonie e i Sicani coprono oltre la metà del territorio. Sin dall'antichità è conosciuta come la terra dei vulcani attivi con il maestoso monte Etna e i mitici Stromboli e Vulcano. La città di Naxos è la prima colonia greca di Sicilia, fu fondata dai Calcidesi provenienti dall'Eubea nel 734 a.C. ; oggi è una delle più importanti località turistiche della Sicilia. Nei pressi del porto si trova il parco archeologico dell'antica colonia greca, e poco distante da essa, è stato aperto il nuovo museo di storia naturale. Il parco fluviale dell'Alcantara è stato istituito nel 2001 dalla Regione Siciliana per tutelare il fiume Alcantara e le sue incomparabili bellezze naturali. Lungo il fiume si trovano le famose "Gole dell' Alcantara", pareti laviche strapiombanti costituite da prismi basaltici di straordinaria bellezza. Il fiume sfocia nelle acque del mar Jonio nel territorio del Comune di Giardini Naxos.

Il Museo Civico di Storia Naturale nasce a Giardini Naxos nell'ottobre del 2001. Esso si estende su una superficie di 340 mq. Al suo interno sono presenti reperti provenienti da tutto il mondo, collezioni mineralogiche, paleontologiche, malacologiche, cui si aggiungono una stupenda collezione di ambre e una di organismi marini provenienti dai fondali dello Stretto di Messina. Inoltre vi è una sezione dedicata agli ecosistemi del fiume Alcantara, uno dei parchi più importanti dell'isola.


Il settore mineralogico, comprende una sezione dedicata ai minerali estetici ed una sezione dedicata alla sistematica. Tra i minerali estetici spiccano una stupenda Atacamite verde proveniente da Ciuquicamata (Cile), la più grande miniera a cielo aperto del mondo; un geode di Ametista brasiliana di colore viola intenso del peso di 113 Kg con sfavillanti cristalli delle dimensioni medie di 2-4 cm; una stupenda Aragonite pseudoesagonale siciliana donata dal Barone Pennisi di Floristella, una rara Cassiterite boliviana con cristalli trasparenti del tipo gemma. Di grande importanza le due vetrine dedicate ai minerali della Serie Gessoso-Solfifera siciliana, formazione geologica del Miocene superiore (circa 5 milioni di anni fa), localizzata nel cosiddetto bacino di Caltanissetta, che comprende geolocicamente le province di Caltanissetta, Enna, Agrigento e Palermo. Le vetrine sono uno sfavillare di gialli cristalli di Zolfo, Celestina bianca e azzurra, Aragonite pseudoesagonale verde, Salgemma e Gesso, variamente associati tra loro. Si tratta di minerali ormai introvabili per la definitiva chiusura di tutte le miniere di Zolfo in Sicilia.
Un settore del museo è dedicato alla vulcanologia, vista la vicinanza al Monte Etna, il vulcano più importante d'Europa e uno dei più attivi al mondo, e dell'arcipelago delle isole Eolie.
Sono esposte una collezione di bombe vulcaniche, formatesi a seguito dell'attività esplosiva di lancio di brandelli di lava incandescente dalle bocche eruttive, raccolte nel passato nella zona sommitale dell'Etna, cristalli e rocce di diversa origine e composizione di colate storiche e preistoriche dell'Etna.


I materiali eruttivi delle Isole Eolie sono ben rappresentati con la più famosa ossidiana, vetro vulcanico estremamente tagliente proveniente dalle colate dell'isola di Lipari, e dalla classica pomice di colore chiaro proveniente sempre da Lipari che spesso troviamo galleggiare in tutto il Mediterraneo o spiaggiata sulle nostre coste.


Il settore dedicato al mare consta di una collezione di conchiglie del Mediterraneo tra cui spiccano diversi esemplari del mollusco bivalve Pinna nobilis, il più grande del Mediterraneo; ad essa sono associate altre due specie dei nostri mari: Pinna rudis che vive a profondità maggiori in zone con forti correnti sottomarine e Atrina pectinata che predilige un mare più calmo. Tra i gasteropodi si osservano alcuni esemplari di Tonna galea, un predatore di echinodermi del genere Spatangus, anticamente usato dai romani come lanterna per illuminare le loro case. Di particolare interesse anche un ramo di corallo bianco proveniente dai fondali profondi dello Stretto di Messina, pescato as oltre 100 mt di profondità a Capo Faro; si tratta della specie Errina aspera sulla quale vive in simbiosi il rarissimo gasteropode Pedicularia sicula, molto ricercato dai collezionisti di tutto il mondo. Questo piccolo tesoro è stato donato dal malacologo Salvatore Ventimiglia di Messina.
Nel museo è anche presente una collazione di conchiglie esotiche, tra le quali: il bivalve Tridacna squamosa, l'ostrica perlifera del genere Meleagrina, il gasteropode Strombus gigas e il grande occhio di bue americano Haliotis rufescens.


Quello dedicato alla Paleontologia esibisce primordiali stromatoliti, felci e legni fossili dall'Australia, pesci e rettili dal Brasile, preziose ambre con inclusioni di insetti fossili, ed anche Simetite rarissima ambra siciliana; sono solo alcuni esempi della vastissima raccolta di fossili esposti.
Sono rappresentate quasi tutte le forme viventi del passato: una rarissima Ciclomedusa proveniente dalle colline di Edicara nei pressi della città di Adelaide in Australia (risalente ad oltre 600.000.000 di anni fa), una mandibola di Mosasauro del Marocco, un uovo di Terinosauro, dinosauro preveniente dalla Cina. Una sezione del museo è dedicata alla paleobotanica con fossili del mondo vegetale, foglie di felci giganti e tronchi fossili delle grandi foreste di conifere del carbonifero provenienti dal Brasile e da altre parti del mondo. Una felce vivente proveniente dall'Australai fa bella mostra nel museo per ricordarci che da centinaia di anni vive sulla terra, un tempo molto lungo rispetto alla comparsa dell'uomo.
All'ingresso del museo si osserva volteggiare la copia dello scheletro di uno Pterosauro del genere Tapejara proveniente dal famoso giacimento di Chapada do Araripe nello stato del Cearà in Brasile e sotto di esso i noduli con i pesci fossili di cui questo rettile volante si nutriva 105 milioni di anni fa, nel Cretaceo inferiore.


Di particolare interesse una collezione di ambre provenienti dai famosi giacimenti di Santo Domingo, del Messico, del Baltico e diversi piccoli frammenti di Simetite, la ormai quasi introvabile ambra Siciliana, proveniente dalle sponde del fiume Simeto i cui frammenti si raccoglievano abbondantemente lungo il litorale della Playa di Catania nel XIX e XX secolo.

Il museo è ancora in corso di ampliamento e mensilmente viene arricchito con nuovo materiale che ne completa e migliora sia gli esemplari che le collezioni; si sopno avute già diverse donazioni sia da parte della popolazione locale che da parte di alcuni collezionisti, i quali hanno inteso incoraggiare e premiare l'iniziativa, a dire il vero assai rara in Sicilia, dell'amministrazione comunale giardinese. Oggi il museo civico di Storia naturale è anche sede di attività didattica mediante visite guidate per scuole di ogni ordine e grado o su prenotazione per gruppi di conferenze, mostre, etc..